Usamos este modismo como sinónimo de «por si acaso», «por lo que pueda suceder». Por ejemplo: «Aunque no he estudiado nada haré el examen por si las moscas, no vaya a ser que apruebe».
Existen dos teorías principales para el empleo de este uso. Uno de ellos es el higiénico y antiguo gesto de tapar la comida para evitar que los insectos, portadores de enfermedades, estuvieran en contacto con ella; la comida se protegía «por si las moscas» la pudieran estropear.
La otra está relacionada con la leyenda de San Narciso, otrora Obispo de Gerona y actualmente patrón de la capital. Cuenta la misma, que durante el asedio de las tropas de Felipe II de Borgoña (El Audaz) a la ciudad gerundense en el año 1286, de la tumba del Santo, la cual abrieron las huestes invasoras con el objeto de profanarla, salieron multitud de moscas que atacaron a las tropas francesas contangiándolas la peste y haciendo que cundiera el pánico. Cuentan que a partir de ese momento la expresión empezó a ser empleada en múltiples circunstancias como recuerdo de aquel hecho.